في 31 مايو 2009، انتهت المرحلة الأولى من مسيرة المدرب البرتغالي مانويل جوزيه مع النادي الأهلي، بعدما ودع الفريق بطولة كأس الكونفدرالية الأفريقية من دور الـ16 على يد فريق سانتوس الأنجولي، وأعلن جوزيه رحيله لتولي تدريب منتخب أنجولا.
خسر الأهلي المباراة أمام سانتوس بثلاثة أهداف في الوقت الأصلي قبل أن يخسر بركلات الترجيح 6-5 بعد تبادل 14 ركلة بين الفريقين على ملعب اشكوكيروش، وأحرز للأهلي في ركلات الترجيح كل من أحمد بلال وأحمد فتحي وشادي محمد وأحمد حسن، فيما أهدرا فلافيو وأحمد علي فرص التسجيل في اللحظات الحاسمة، وبقي التعادل 4-4 دفع الفريقين للعب ضربات فوق الثلاث ركلات المعتادة.
أنهى فريق سانتوس اللقاء بثلاثية، سجلها بيبتشو في الدقيقة 27، وأضاف ميلاكس الهدف الثاني في الدقيقة 76، وتابع فاو بتسجيل الهدف الثالث في الدقيقة 89، وقدّم الأهلي أداءً متواضعاً ونأى نفسه عن الفاعلية الهجومية، إضافة إلى فقدان السيطرة على خط الوسط رغم الدفع بأحمد حسن من مقاعد البدلاء، كما بذل مدافعوه جهداً لكنه لم يكن كافياً لصد محاولات سانتوس من التسديد من المسافات البعيدة.
كان هذا الخروج بمثابة خيبة أمل خاصة للمدرب مانويل جوزيه، الذي شهدت فترته الأولى مع الأهلي خروج الفريق مرتين متتاليتين من المنافسات الأفريقية، الأولى كانت على يد كانو بيلارز النيجيري، مسببة تسريع رحيله، ثم جاء الخروج الثاني من الكونفدرالية نتيجة فقدان التركيز والتهاون أمام سانتوس.
ظل جوزيه في أنجولا بعد نهاية مشواره مع الأهلي ليباشر مهامه مع منتخب أنجولا الذي شهده رسمياً مدرباً جديداً، وكان هذا الفراق الثاني له مع الأهلي بعد ولايتين تدريبيتين قبل عودته في ولاية ثالثة انتهت في مايو 2012، وقاد خلالها الفوز الأخير للنادي على الملعب المالي بثلاثة أهداف مقابل هدف في استاد الكلية الحربية.
حصد جوزيه مع الأهلي 20 لقباً متنوعة بين ست بطولات للدوري العام، واثنتين لكأس مصر، وأربع مرات في كأس السوبر المصري، وأربع بطولات دوري أبطال أفريقيا، وأربع بطولات للسوبر الأفريقي، كما شارك في ثلاث مناسبات بكأس العالم للأندية، حقق المركز السادس في الأولى والثالث في الثانية، إضافة إلى الميدالية البرونزية في الثانية.